Gen ontology
Gene Ontology (GO) er alþjóðlegt frumkvæði að lífupplýsingatækni til að staðla hluta orðaforða lífvísinda . Niðurstaðan er gagnfræðagagnagrunnur með sama nafni, sem nú er notaður af mörgum líffræðilegum gagnagrunnum um allan heim og er í stöðugri þróun. Frekari viðleitni er að úthluta GO hugtökum (athugasemdum) til einstakra gena og próteina þeirra auk þess að útvega viðeigandi hugbúnað til að nota verufræðina.
Meirihluti stofnana sem taka þátt í GO eru bandarískar og eru studdar af stjórnvöldum og fyrirtæki ( AstraZeneca ). [1] GO er fyrst og fremst á ensku og tegundahlutlaust og er ókeypis aðgengilegt. Það er hluti af stærra verkefni, Open Biomedical Ontologies .
Gagnagrunnur og skilmálar
GO er lífeðlisfræðileg verufræði sem nær yfir þrjú svið: „frumuhluti“, „líffræðilegt ferli“ og „sameindaverkun“. Hvert hugtak samanstendur af nafni, tölu og tilheyrandi gögnum. Vernafræðin hefur staðfræði við beint hringlaga línurit .
dæmi
auðkenni: GO: 0000016 nafn: laktasavirkni nafnrými: sameinda_virkni def: "Hvati hvarfsins: laktósi + H2O = D-glúkósi + D-galaktósi." [EB: 3.2.1.108] samheiti: „laktasa-phlorizin hydrolase virkni“ BROAD [EC: 3.2.1.108] samheiti: „laktósa galaktóhýdrólasa virkni“ NÁKVÆMT [EB: 3.2.1.108] xref: EB: 3.2.1.108 xref: MetaCyc: LACTASE-RXN xref: Reactome: 20536 is_a: GO: 0004553! hýdrólasa virkni, vatnsrof O-glýkósýlsambönd
Gagnagjafi: [2]
Umsóknir
Eins og önnur verufræði er erfðafræðin í genum tilraun til að koma á framfæri líffræðilegri þekkingu á skýran hátt. Slík framsetning, að auki, ef hún segist vera ákjósanleg, hefði margvíslega notkun auk staðlunar tungumálsins, þar með talið í útgáfu- og bókasafnageiranum. Að auki gerir uppbyggð framsetning notkun í hugbúnaði sem notar líffræðilega og klíníska þekkingu til að svara spurningum og greina tilraunagögn ( rökrétt rökhugsun , gagnavinnsla ). [3] [4]
Mikilvægustu verkfærin til að fletta í gegnum GO færslurnar eru ritstjórnarfræðin OBO-edit og vafrinn AmiGO, sem er fáanlegur sem vefsíða. Til viðbótar við kynningu verufræðinnar býður OBO-edit upp á tæki til að leita fyrirspurna og sía upplýsingar um verufræði. [5]
Til greiningar á tilraunum sem leiða til mikils fjölda gilda sem eru úthlutað einstökum genum geta mismunandi gagnamyndunarmarkmið með mismunandi reikniritum, ásamt tiltekinni erfðafræðilegum genum, leitt til óhefðbundinna niðurstaðna frá tilrauninni. Til dæmis eru þyrpingagreiningarreiknir notaðir til að ákvarða hvaða líffræðilegu ferli aðallega er breytt með tilteknum umhverfiseiturefnum í frumum með því að greina niðurstöður samsvarandi örgreiningartilrauna með því að nota GO athugasemdir allra gena viðkomandi lífveru. [6]
Sjá einnig
Vefsíðutenglar
- Gene Ontology Consortium
- AmiGO vafri
- GONUTS Wiki - GO -Term skjöl frá þriðja aðila
- OBO Foundry bókasafn
- Merkingarfræðileg kerfislíffræði
Einstök sönnunargögn
- ^ GO listi yfir þátttakendur í samsteypu. Í: geneontology.org. Sótt 8. janúar 2018 .
- ↑ GO Consortium: gene_ontology.1_2.obo (OBO 1.2 flataskrá ) 16. mars 2009. Opnað 16. mars 2009.
- ↑ M. Ashburner , CA Ball o.fl .: Erfðafræði gena: tæki til sameiningar líffræði. Gene Ontology Consortium. Í: Náttúruleg erfðafræði . 25. bindi, númer 1, maí 2000, bls. 25-29. doi: 10.1038 / 75556 . PMID 10802651 . PMC 3037419 (ókeypis texti í heild sinni).
- ^ GO Consortium: The Gene Ontology árið 2010: viðbætur og betrumbætur. Í: Rannsóknir á kjarnasýrum . 38, 2009, bls D331-D335, doi: 10.1093 / nar / gkp1018 .
- ↑ J. Day-Richter, MA Harris o.fl .: OBO-Edit-ritfræðingur fyrir líffræðinga. Í: lífupplýsingatækni. 23. bindi, númer 16, ágúst 2007, bls. 2198-2200, ISSN 1367-4811 . doi: 10.1093 / bioinformatics / btm112 . PMID 17545183 .
- ↑ P. Pavlidis, J. Qin o.fl.: Notkun erfðafræðilegrar erfðafræðinnar fyrir námuvinnslu gagna: samanburður á aðferðum og notkun á aldursáhrifum í frumhimnubörkum manna. Í: Taugaefnafræðilegar rannsóknir. 29. bindi, númer 6, júní 2004, bls. 1213-1222, ISSN 0364-3190 . PMID 15176478 .